一、海豚亚科
海豚亚科是海豚科下属的一个亚科，别称真海豚亚科，也是海豚科的主要演化支，现行分类暂划有5属，分别是弗氏海豚属、驼海豚属、原海豚属、瓶鼻海豚属和真海豚属，有弗氏海豚、大西洋驼海豚、太平洋驼海豚、印度洋驼海豚、澳洲驼海豚、条纹原海豚、热带点斑原海豚、大西洋点斑原海豚、短吻飞旋原海豚、长吻飞旋原海豚、瓶鼻海豚、印太瓶鼻海豚、短吻真海豚、长吻真海豚14种。
二、糙齿海豚亚科
糙齿海豚亚科是海豚科下属的一个亚科，特征是牙齿表面有垂直细皱摺或脊，事实上这也是“糙齿”的由来，现行分类暂划有2属，分别是糙齿海豚属和侏白海豚属，有糙齿海豚、土库海豚、圭亚那海豚3种。
三、露脊海豚亚科
露脊海豚亚科是海豚科下属的一个亚科，现行分类暂划有4属，分别是露脊海豚属、矮海豚属、坛喙海豚属和斑纹海豚属，有北露脊海豚、南露脊海豚、康氏矮海豚、智利矮海豚、海氏矮海豚、贺氏矮海豚、白喙斑纹海豚、大西洋斑纹海豚、皮氏斑纹海豚、沙漏斑纹海豚、太平洋斑纹海豚、暗色斑纹海豚12种。
四、虎鲸亚科
虎鲸亚科是海豚科下属的一个亚科，现行分类暂划有2属，分别是虎鲸属和短吻海豚属，有虎鲸、伊河海豚2种。
五、领航鲸亚科
领航鲸亚科是海豚科下属的一个亚科，现行分类暂划有5属，分别是领航鲸属、瓜头鲸属、侏虎鲸属、伪虎鲸属和里氏海豚属，有短肢领航鲸、长肢领航鲸、瓜头鲸、侏虎鲸、伪虎鲸、里氏海豚6种。
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